Auswertungsmethode für (randomisierte kontrollierte) Interventionsstudien, bei der die Ergebnisse der Studienteilnehmer:innen (TN) nur dann mit ausgewertet werden, wenn die experimentelle und Kontrollintervention wie geplant durchgeführt wurden (das heißt z. B., TN der Interventionsgruppe, die während der Studie aussteigen, werden nicht mit ausgewertet). Dies erlaubt die Abschätzung des Wirkungspotentials einer Therapieform unter optimalen Bedingungen. Nachteilig daran ist, dass das Randomisierungschema durchbrochen wird. Damit sind die Gruppen strukturell nicht mehr vergleichbar und die Gefahr systematisch verzerrter Ergebnisse steigt. Per-Protocol Analysen werden vor allem in Interventionsstudien der Phasen I und II eingesetzt, um das therapeutische Potential und optimale Dosierungen für eine Behandlungsform zu finden. Ansonsten sollte zur Auswertung kontrollierter Studien eher die Intention-to-Treat Analyse verwendet, weshalb z. B. in der PEDro-Skala bei Intention-to-Treat-Analyse (und nicht bei Per-Protocol-Analyse) ein Punkt vergeben wird.